Der Bau der St. Paulikirche hing mit den Plänen des Kölner Erzbischofs Philipp von Heinsberg zusammen, der gegen Ende des 12. Jhs. beschloss, Soest zur zweiten Stadt in seinem Territorium auszubauen. Zu diesem Zweck wurde das Stadtgebiet von Soest in tortenstückförmige “Hofen” mit jeweils einer eigenen Kirche aufgeteilt. St. Pauli wurde die Kirche der südlichen Hofe. Die bis dahin einzige Stadtkirche St. Petri (“Alde Kerke”) behielt mit dem Westen und dem Südwesten die größte Hofe.

Bei der Einführung der Reformation in Soest hat die St. Paulikirche eine besondere Rolle gespielt. 1530 wurden hier die ersten evangelischen Predigten durch den Dominikanerpater Johann Kelberg gehalten.

Im Zweiten Weltkrieg blieb die Kirche von Zerstörungen weitgehend verschont. Da die Pauligemeinde in den 1960er Jahren kleiner geworden war, vereinigte sie sich 1972 mit der benachbarten Petrigemeinde zur “Ev. St. Petri-Pauli Kirchengemeinde”. In den Jahren 1980 – 95 wurde die St. Paulikirche umfassend restauriert.

Im Jahr 2009 hat die St. Paulikirche durch die Errichtung eines Kolumbariums im westlichen Teil der Kirche – westfalenweit der erste Urnenfriedhof in einer evangelischen Kirche – eine wesentliche Nutzungserweiterung erfahren. Seitdem ist die St. Paulikirche sowohl Gottesdienststätte (mit Urnenfriedhof) als auch Urnenfriedhof (mit Gottesdienststätte).